Essere un importante crocevia di transito fra Perugia, Todi, ed Orvieto ha caratterizzzato, fin dall'epoca etrusca, la storia di Marsciano assegnandole una posizione di primo piano e favorendone lo sviluppo, ma spesso rendendola anche teatro di aspre battaglie.
L'antico castello di Marsciano fu donato ai Conti Bulgarelli dall'Imperatore Ottone II nel 975. Nel 1281 la famiglia Bulgarelli si sottomise a Perugia.
Nel 1424, quando Braccio Fortebraccio, capitano di Perugia morì, il Papa Paolo III prese il potere a Perugia e Marsciano; durante questo periodo (1543) venne costruita la "Rocca Paolina".

Nello stesso periodo Marsciano pagò 3.000 ducati d'oro alla Santa Sede ottenendo così l'indipendenza da Perugia e, nel 1531, la possibilità di emanare im proprio Statuto.
Tale documento stabiliva molte norme, alcune delle quali sono ancora valide, come quella del mercato settimanale del lunedì mattina e la celebrazione del Santo Patrono, San Giovanni, il 24 giugno.
Marsciano rimase sotto il dominio papale fino all'unità d'Italia proclamata nel 1860.