Nel 1310, duecento soldati guidati da un certo Libriotto di Portasole assalirono Morcella, ma furono respinti dal soldati difensori; lo stesso capitano fu fatto prigioniero insieme ad altri soldati. Negli anni successivi risulta che Morcella fosse stata dispensata più volte dal Consiglio Generale di Perugia dal pagar i dazi. Ciò al fine di ripararsi le mura, o riparare il ponte sul Nestore.
Il castello faceva parte del contado di Porta San Pietro. Ciò risulta dalla tassa che esso doveva per il mantenimento del capitano del contado. Le cronache del tempo ci riferiscono altre sciagure patite dagli abitanti del Castello, come quella apportata da Baldassare della Staffa nel1534, allorchè con trecento soldati mise a ferro e fuoco il Castello.

Un altro episodio risale al 1643: l'esercito fiorentino guidato da Mattia del Medici, accampato presso San Biagio della Valle, giunse fino a Morcella per fare rifornimento.

Gli abitanti aprirono le porte dietro la promessa di avere salva la vita, invece furono saccheggiati e fatti prigionieri.

Per riscatto, Mattia dei Medici, chiese al cittadini di Morcella, buona parte del loro denaro.

A scambio avvenuto i prigionieri furono liberati.

La pianta attuale del paese rimasta intatta, le vie ampie, gli archi incastonati nelle abitazioni, mostrano che la vita del Castello fosse un tempo molto viva e ricca.